Bei der Destillation wird Flüssigkeit in Dampf und Dampf wiederum in Flüssigkeit verwandelt.

Um Malzwhisky zu produzieren, sind 2 oder 3 Destillationsvorgänge erforderlich. Dazu wird der "Wash" in birnenförmige kupferne Brennblasen ("pot stills") gefüllt, zuerst in die sogenannten "wash stills", in der der Rohalkohol zum Sieden gebracht wird. Der Dampf steigt in den sogenannten "Schwanenhals" ("swan neck") und wird danach in einen Kondensator (eine Reihe von Röhren in Kaltwasserbehältern) geleitet. Hier werden die Dämpfe wieder flüssig und es entstehen die sogenannten "Low Wines" (eine Art Rohbrand mit ca. 20-25 Vol. % Alkohol).

Die zweite Destillation erfolgt nun in den kleineren "Spirit Stills" (oder "Low Wine Stills") und führt zum Feinbrand. Während dieses Vorgangs beobachtet der Brennmeister sorgfältig das durch den sogenannten "Spirit Safe" (ein Glaskasten, durch den die Flüssigkeit einfließt) das Destillat und entnimmt hin und wieder Proben. Der erste Teil (Vorlauf) ist, wie der Nachlauf auch, unrein und unbrauchbar. Er enthält Methanol, höhere Alkohole, unangenehme Aromastoffe etc.. Es gilt, den einzig brauchbaren Teil, den Mittellauf, zu trennen, der einen Alkoholgehalt von ca. 70 Vol. % hat.

Vor- und Nachlauf werden erneut destilliert.

Wenn genügend Destillat aus dem Mittellauf gesammelt wurde, wird es in einen weiteren Kessel gefüllt und mit Wasser verdünnt, um den Alkoholgehalt zu reduzieren.

Nun kann die Reifung beginnen. Zu diesem Zeitpunkt darf das noch farblose Destillat nicht als Scotch Whisky bezeichnet werden. Hierfür muss es erst mindestens 3 Jahre in Eichenfässern reifen, die in Lagerhäusern ("warehouses") liegen.

Während der Reifezeit verdampft und verdunstet ein Teil des Whiskys durch die Poren der Fässer nach außen und wiederum wird Luftfeuchtigkeit von außen dem Fassinhalt zugeführt. Gleichzeitig nimmt der Whisky Aroma und Farbe von den Fässern an. Hierdurch entsteht aus einem rauhen, rohen Alkohol der ausgewogene, aromatische Whisky, den wir genießen dürfen.

Jedes Jahr verdunstet ca. 2% des Whiskys, der in den Fässern reift. Dieser Anteil wird "Angels' Share" (der Anteil der Engel) genannt.

Nach der Reifung wird der Whisky durch einfache Filtration von Schwebstoffen befreit.

Fässer:

Scotch Whisky muss in Eichenfässern reifen, die einen großen Einfluss auf den Geschmack und die Farbe des Whiskys haben. Trotzdem darf noch der Farbstoff Zuckercouleur zugesetzt werden, um eine gleichbleibende Farbe zu gewährleisten. Die Eichenfässer sind aber nicht etwa neu, sie haben bereits amerikanischen Bourbon enthalten. Nachdem die amerikanische Gesetzgebung vorschreibt, dass Fässer zur Reifung von Bourbon nicht zweimal verwendet werden dürfen, profitiert die schottische Whiskyindustrie von diesem Umstand. Außerdem würde das Holz neuer Eichenfässer zu viel Aroma an den Whisky abgeben. Viele Whiskyhersteller benutzten auch gebrauchte Sherry-Fässer aus Spanien.

Manche Destillerien lassen ihren Whisky für eine weitere Reifeperiode in gebrauchten Madeira-, Port-, Cognac-, Bordeaux- oder Sherryfässern nachreifen, um dem Whisky ein zusätzliches spezielles Aroma ("Finish") zu verleihen.

Die meisten Whiskys werden bei einem Alkoholgehalt von 40 Vol. % (das gesetzliche Minimum) und 46 Vol. % abgefüllt. Um die Stärke zu regulieren wird zumeist Wasser hinzugefügt.